Setelah bangunan rumah pengomposan siap digunakan maka langkah-langkah pengomposan yang akan diterapkan dapat dilihat pada gambar berikut.Berdasarkan gambar, langkah-langkah yang akan ditempuh setelah sampah ada di lokasi pengomposan adalah: 1. pemilahan, 2. penyusunan tumpukan, 3. pembalikan, 4. pelepasan dan pemasangan terowongan, 5. pemasangan terowongan, 6. pematangan, 7. penyaringan, dan 8. pengemasan dan penyimpanan

Pemilihan
Sampah yang dijumpai sehari-hari di suatu tempat pembuangan sampah biasanya dalam keadaan bercampur. Secara umum sampah yang bercampur dapat dibagi menjadi : 1. Sampah organic, 2. Lapak (plastic, kertas, kaca dsb yang laku dijual) dan 3. residu atau sampah berbahaya (batu baterai, kemasan obatt, jarum suntik) Bahan untuk pembuatan kompos adalah yang termasuk bahan organik lunak : daun-daunan, rumput, sisa sayur mayor, buah-buahan, sisa makanan. Bahan-bahan ini tersedia di sekitar kampus UNY. Diusahakan agar bahan-bahan organic itu tidak bercampur dengan bahan berbahaya seperti pecahan kaca, beling, batu baterai, obat-obatan, kaleng, kemasan bahan kimia, bekas tinta printer dan sebagainya. Melalui pemilahan ini mungkin dihasilkan pula berbagai bahan lain seperti kertas, plastiik, potongan besi, kayu kimia, bekas alat suntik tinta, botol kemasan tinta, kertas, plastic, kaca dan logam. Bahan-bahan ini dapat digunakan kembali atau ada yang harus dibawa ke tempat yang aman sebagai residu.. Kalau dari setiap tempat penampungan sampah di UNY sudah dipilah-pilahkan antara sampah basah (baca =organic) dan sampah kering maka pemilahan sampah di tempat pengomposan semakin mudah.
Tempat pemilahan sampah sebaiknya diberi atap agar terhindar dari hujan dan panas serta dapat dilakukan di segala cuaca. Demikian pula perlu ada kontainer tertutup untuk menempatkan residu, sehingga dapat langsung ditampung atau diangkut ke luar area pengomposan.

Pembuatan Tumpukan Kompos
Sampah organic yang sudah dipilah kemudian dicincang atau dirajang terlebih dahulu (bila mungkin) dan direndam dulu dalam kolam penampiungan selama kira-kira 1 minggu kemudian disusun dalam tumpukan-tumpukan berukuran panjang 2 ±meter, lebar ±1.75 meter dan tinggi ±1.5 meter. Penumpukan dilakukan di atas terowongan bamboo yang sebelumnya diletakkan ditengah dasar tumpukan. Model tumpukan yang lain adalah metode indore yang dapat dilihat pada gambar berikut.
Penumpukan kompos perlu dilakukan di bawah atap. Ini berfungsi melindungi tumpukan dari terik matahari dan hujan sehingga kondisi ideal pengomposan tetap terjaga.

Pemantauan Suhu dan Kelembaban
Pemantauan suhu dilakukan setiap hari untuk mengetahui evolusi temperature tumpukan pengomposan yang mencerminkan laju dekomposisinya. Idealnya suhu tumpukan pengomposan harus mencapai 55 derajat atau lebih yang berlangsung selama beberapa hari atau bahkan beberapa minggu agar bibit penyakit bisa terbunuh. Kelembaban juga harus dipertimbangkan karena reaksi dekomposisi memerlukan air. Pengukuran suhu dilakukan dengan menggunakan thermometer tongkat yang bisa mencapai dasar tumpukan pengomposan. Sementara pengukuran kelembaban dapat dengan metode pengeringan atau digenggam dan diraba. Pada akhir pengomposan maka temperature akan stabil tidak ada fluktuasi lagi.

Pembalikan dan penyiraman
Pembalikan dan penyiraman dilakukan agar kondisi tumpukan tetap ideal bagi proses dekomposisi yang dilakukan oleh mikroorganisme. Dengan pembalikan maka kebutuhan oksigen tumpukan tercukupi sehingga dapat meningkatkan aktivitas mikroorganisme. Sementara penyiraman dilakukan bila kondisi tumpukan kering.

Pematangan
Diperkirakan tumpukan akan memasuki fase pematangan atau stabilisasi ketika temperaturnya sudah mencapai 45OC, bentuk tumpukan berubah, warna bahan yang dikomposkan juga sudah berubah (coklat kehitaman). Bila temperature sudah mendekati suhu kamar selama beberapa minggu maka kompos dianggap sudah matang. Selain cirri tersebut cirri lainnya adalah tidak lagi muncul bau.

Panen
Setelah masa pematangan/stabilisasi (2 minggu) tumpukan kompos siap di panen. Panen dilakukan dengan disaring sehingga dihasilkan kompos dengan ukuran partikel yang bervariasi. Penyaringan akan menghindarkan kompos dari bahan berbahaya seperti pecahan kaca, besi.
Penyaringan dilakukan dalam ruangan, bisa pada tempat yang tetap khusus untuk penyaringan. Sebaiknya tempat penyaringan dekat dengan tempat pengemasan, dekat gudang dan diberi penerangan. Besarnya tempat penyaringan disesuaikan dengan kompos yang diproduksi.

Pengemasan
Kompos yang sudah disaring dapat dismpan dalam kantong-kantong plastic atau karung sebelum segera digunakan.
Pengemasan perlu dilakukan di bawah atap. Tempat pengemasan sebaiknya dekat dengan gudang, sehingga pengemasan dan penyimpanan kompos dapat dilakukan di tempat yang sama. Gudang juga berfungsi sebagai tempat bahan kemasan, peralatan, timbangan. Sarana pengemasan dan gudang harus dekat dengann jalan agar mudah pengangkutan produk dan pemasarannya.